Արմեն Սարգսյանի կենսագրության ամենաինտրիգային մասը, սակայն, նրա վարչապետության մի քանի ամիսներն էին (1996 դեկտեմբեր-1997 փետրվար):
Նրա հեռանալը պաշտոնապես բացատրվեց առողջության հետ ունեցած խնդիրներով, մինչդեռ, ասում են՝ Արմեն Սարգսյանի հրաժարականի պատճառը Վազգեն Սարգսյանի հետ բախումն էր:
Լուրեր էին շրջանառվում, որ նա չի կատարել սպարապետին տված խոստումն, ինչն էլ պատճառ է դարձել, որ վռնդվի Հայաստանից: